A talaj-mikrobióta mennyiségi viszonyait, struktúráját és funkcióit célzó vizsgálatok komoly bioindikációs értékűek lehetnek, jelentős gyakorlati segítséggel bírhatnak, ha egy talaj állapotát, egy kezelés vagy szennyezés hatását próbáljuk megismerni. Ilyen esetekben olyan könnyen kimutatható, jól követhető és lehetőleg kvantitatív mérhető markerekre, indikátorokra van szükség, melyekből a talaj belső történéseire, állapotára következtethetünk, és abból viselkedését megfelelő megbízhatósággal jósolni tudjuk. A mikrobióta közvetett vizsgálatára elméleti problémákkal a legkevésbé terhelt és a gyakorlatban is egyre terjedő választás a foszfolipidekre irányul. A foszfolipid-zsírsav- (PLFA-) alapú mikrobióta-vizsgálat előnyei a mennyiségi meghatározás és a specifikus mikrobacsoportok kimutatásának kombinációjából fakadnak, valamint abból, hogy a foszfolipidek a talajban gyorsan lebomlanak, így a PLFA-analízis mindig az aktuális mikrobaközösségről ad információt. Hátránya, hogy az egyes zsírsavak mennyisége környezeti tényezők hatására fajon belül is eltérhet, továbbá, hogy nagy az átfedés a különböző zsírsavak előfordulása között, és viszonylag kevés a kellő mértékben specifikus zsírsav. Az első életközösségi szintű foszfolipid-analízist King és munkatársai végezték 1977-ben. Azóta számos kutató alkalmazta és alkalmazza a talaj mikrobiális biomasszájának becslésére, valamint a mikrobióta struktúrájának meghatározásához a PLFA-analízist, például mezőgazdasági talajhasználat, talajszennyezés hatásainak vizsgálatára, ökotoxikológiai tesztekhez, jelölt szubsztrátok beépülésének vizsgálatára.