A foszfolipidek kémiai analízise történhet foszfolipid-foszfát, valamint foszfolipid-zsírsavak (PLFA) vizsgálatával. A foszfolipid-zsírsavak analízisére általában gázkromatográfot, illetve gázkromatográf-tömegspektrométert használnak. Ehhez a minta-előkészítés történhet egyszerű preparálással , amivel csak az észteresíthető zsírsavakat lehet meghatározni, és az összes foszfolipid vizsgálatára szolgáló meghosszabbí tott preparálással , mely nagyobb biztonságú minőségi meghatározást tesz lehetővé.