View More View Less
  • 1 Klinikai Orvostudományok Doktori Iskola, Semmelweis Egyetem, Budapest
  • | 2 II. sz. Patológiai Intézet, Semmelweis, Egyetem, 1091, Budapest, Üllői út 93.
Restricted access

Absztrakt

A génexpresszió microarray-alapú globális elemzése sikeresen alkalmazható a humán tumorok, közöttük a primer májrákok karakterizálására. A microarray technológia elősegítheti a rákbetegek korai diagnózisát, prognosztikus és terápiás klasszifikációját. Annak érdekében, hogy az archivált patológiai mintákban elrejtett genomikai információhoz jobb hozzáférést biztosítsunk, három különböző fixálószerrel kezelt, paraffinba ágyazott szöveteken vizsgáltuk az RT-PCR reakciók hatékonyságát. Minden fixálószer estén megbízható amplifikációt kaptunk, amennyiben az amplikon mérete nem haladta meg a 225 bp-t. A termékhossz további növekedésével azonban a reakció hatékonysága és reprodukálhatósága gyorsan csökkent. A legjobb szöveti morfológiát és a legegyenletesebb claudin-4 és claudin-7 immunhisztokémiai festést ugyanakkor a formalin-fixált minták estén láttuk. A konvencionális lineáris RNS-amplifikációs protokollt egy random nonamer T3-polimeráz lépéssel módosítottuk. A T7T3 amplifikáció olyan “sense” szálú terméket hozott létre, ami indirekt jelölt cDNS-templáttá volt konvertálható. A fagyasztott és mikrodisszektált Myc és Myc/TGF-α egértumorok microarray-elemzése az amplifikációt követően jól reprodukálható expressziós profilokat (r=0,9) eredményezett, az eredeti expessziós mintázatok megtartottak voltak (r=0,78). A HGF-kezelt, c-Met kondiconális knock-out és kontroll egerekből származó májsejtek expressziós profiljainak összehasonlításával 690, a HGF/c-Met útvonal által szabályozott gént azonosítottunk. A szignifikáns gének funkcionális elemzése azt mutatta, hogy a c-Met receptor a májsejtek motilitásának és oxidatív homeosztázisának fontos regulátora. A c-Met-indukált expressziós mintázat kifejeződését humán HCC-kben is vizsgáltuk, és beazonosítottuk a humán tumorok egy csoportját (27%), melyekben a c-Met útvonal aktivációja valószínűsíthető (MET+). E tumorokra a gyakori vaszkuláris invázió, a magas mikrovaszkuláris sűrűség és a többihez képest rövidebb túlélés volt jellemző. Egy, a 111 evolucionálisan konzervált c-Met-célgén expresszióján alapuló predikciós modell pedig 83–95%-os pontossággal volt képes a májkarcinómás betegeket a jó és a rossz túlélést mutató csoportokba szétválogatni. Összességében kutatásaink megmutatták, hogy a gondos kísérlettervezés és a legkorszerűbb molekuláris metodikák felhasználása mellett archivált és ezáltal ritka mintákon is lehetővé válik a globális génexpresszió elemzése. A komparatív genomikai analízis segítségével pedig olyan új molekuláris klasszifikációs rendszereket hozhatunk létre, amelyek nélkülözhetetlenek az individualizált daganatterápiás protokollok létrehozásához.

  • 1. P Kaposi-Novak JS Lee L Gomez-Quiroz et al. 2006 Met-regulated expression signature defines a subset of human hepatocellular carcinomas with poor prognosis and aggressive phenotype J Clin Invest 116 1582 1595.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 2. Kaposi-Novak P , Lee JS, Mikaelyan A, et al. Oligonucleotide microarray analysis of aminoallyl-labeled cDNA targets from linear RNA amplification. Biotechniques 37: 580, 582–586, 588, 2004.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 3. C Paska K Bogi L Szilak P Kaposi-Novak et al. 2004 Effect of formalin, acetone, and RNAlater fixatives on tissue preservation and different size amplicons by real-time PCR from paraffin-embedded tissue Diagn Mol Pathol 13 234 240.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 4. G Lotz A Kiss P Kaposi-Novak et al. 2001 Hepatitis viruses and hepatocarcinogenesis J Physiol Paris 95 417 422.

  • 5. E Szabo C Paska P Kaposi-Novak et al. 2004 Similarities and differences in hepatitis B and C virus induced hepatocarcinogenesis Pathol Oncol Res 10 5 11.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 6. A Kiss G Lotz P Kaposi-Novak Z Schaff 2002 Hepatitis viruses and hepatocarcinogenesis Orvosi Hetilap 143 83 86.

  • 7. T Glasz E Hortovanyi G Mozes et al. 2004 Chlamydia pneumoniae in coronary bypass grafts of redo patients. The concept of the ‘adventitial baseline infection’ Pathol Res Pract 200 609 618.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 8. B Podanyi A Kiss P Kaposi-Novak et al. 2005 Hepatitis C virus RNA in the cutaneous eruption but not in the symptom-free skin from patient with prurigo simplex and chronic C hepatitis J Eur Acad Dermatol Venereol 19 520 522.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 9. B Podanyi A Kiss P Kaposi-Novak et al. 2004 Hepatitis C virus RNA in the skin eruption from patients with prurigo and chronic hepatitis C Orvosi Hetilap 145 2371 2374.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 10. AM Tokes J Kulka S Paku et al. 2005 Claudin-1, -3 and -4 proteins and mRNA expression in benign and malignant breast lesions: a research study Breast Cancer Res 7 R296 R305.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation
  • 11. J Kulka AM Tokes P Kaposi-Novak et al. 2006 Detection of HER-2/neu gene amplification in breast carcinomas using quantitative real-time PCR – a comparison with immunohistochemical and FISH results Pathol Oncol Res 12 197 204.

    • Search Google Scholar
    • Export Citation