Search Results

You are looking at 1 - 10 of 10 items for

  • Author or Editor: Balázs Győrffy x
Clear All Modify Search

A következő generációs szekvenálási technológiák megjelenése az elmúlt tíz évben jelentős előrelépést jelentett a gyors és hatékony genomiális DNS-szekvenálás terén. Tanulmányunkban áttekintjük az 1975-ös sangeri láncterminációs szekvenálástól a valós idejű DNS-szekvenálás lehetővé válásáig vezető módszertani vívmányokat. A klonális amplikonokkal dolgozó, sok szálon párhuzamosan futó szekvenálási módszerek a következő generációs szekvenálási technológiák alapjai. Manapság leginkább a funkcionális genomikai alapkutatásban alkalmazzák ezen szekvenálási technológiákat, amelyek a szignáltranszdukciós útvonalak, ontológiák, a proteomikai, metabolomikai eredményeknek a metaanalízise során nélkülözhetetlen információt adnak. Bár klinikumban rutinmódon még csak elvétve alkalmaznak következő generációs szekvenátorokat, azonban az onkológiában, kardiológiában és epidemiológiában már van igény a technológia által elérhető extra ismeretekre. Az elterjedés fő gátja az adatelemzési módszerek standardizáltságnak hiánya, amely az objektív kiértékelést megnehezíti. Orv. Hetil., 2011, 152, 55–62.

Open access

Az egyénre szabott terápia az emlőtumorok közeljövőbeli klinikai szisztémás kezelésének alapja lesz. Ehhez a tumorok hatékonyabb jellemzése, pontosabb prediktív és prognosztikus információk nyerése szükséges, amelyet monogénes (ER, PR, HER-2, stb.), vagy multigénes tesztek alkalmazása tesz lehetővé. Multigénes tesztek segítségével különböző klinikai problémákra tudunk egyidejűleg választ kapni, amely az összköltséget és az időigényt csökkenti. Az általunk ismertetett tesztek a MammaPrint, Oncotype DX, BLN Assay, Theros Breast Cancer Index SM, MapQuant DX, ARUP Breast Bioclassifier, Celera Metastatic Score, eXagen BCtm, Invasive Gene Signature, Wound Response Indicator, Mammostrat, amelyek microarray vagy RT-PCR módszert alkalmaznak a génexpresszió mérésére. Ezek közül kettő (Oncotype DX és MammaPrint) már most az ajánlott diagnosztikus protokollok része. Ma még sok probléma jelentkezik a kereskedelmi forgalomban is kapható tesztekkel kapcsolatban: jellemző a gyenge validáltság, az azonos célra tervezett chipek teljesen eltérő génlistái, az eljárás költségessége és a kiértékeléshez szükséges bioinformatikai módszerek bonyolultsága.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Gyöngyi Munkácsy, Zsolt Tulassay and Balázs Győrffy

Az RNS-interferencia a poszttranszkripciós génelcsendesítés olyan formája, amelynek során rövid, specifikusan RNS-molekulák elnyomják a gének kifejeződésében kulcsszerepet játszó hírvivő RNS-ek működését. A sejtbe juttatott dupla szálú vagy rövid interferáló RNS-molekulák aktiválják az RNS-indukált elcsendesítő komplexet, amely a célgén hírvivő RNS-ét lebontja. A sejtek saját szabályozó mikro-RNS-molekulákkal is rendelkeznek, amelyeknek hírvivő RNS-e képes önmagával hajtűt képezni, amit a sejt dupla szálú RNS-ként értelmez. Az RNS-interferencia élettani működései közé tartozik a vírusok és a transzpozonok elleni védekezés, valamint a génkifejeződés szabályozása. Az RNS-interferencia nemcsak in vitro alkalmazható az egyes gének működésének vizsgálatára, hanem klinikai alkalmazásainak lehetőségei is megjelentek. Eddig vírusfertőzésekben, az időskori makuladegeneráció gátlására, a vér koleszterinszint-csökkentésére, daganatellenes és neurodegeneratív betegségek kezelésében alkalmazták. Az RNS-interferencia alkalmazását azonban nehezíti, hogy a megfelelő rövid interferáló RNS-molekulák tervezéséhez szükséges bioinformatikai algoritmusok nem tökéletesek; a szervezet szöveteibe való bejuttatásuk nehéz; illetve csak olyan esetekben alkalmazható, amelyekben átmeneti antagonista génelcsendesítő hatás és nem hosszú távú kezelés szükséges. Az alkalmazás legnagyobb előnye a jelentős specificitás, ami miatt mellékhatása is kevés. Az RNS-interferencia alapú kezelések megjelenése már a közeli jövőben várható.

Restricted access

Absztrakt:

A Down-szindróma a leggyakrabban előforduló autoszomális kromoszóma-rendellenesség. A klasszikus értelmezés szerint a meiosis során létrejövő nondiszjunkció következménye. Előfordulása idősebb anyai életkorban gyakoribb. A genetikai rendellenesség kórélettana az intenzív kutatások ellenére sem teljesen tisztázott. Az újabb kutatások szerint egy másfajta mechanizmus állhat a 21-es triszómia hátterében, mint amilyet eddig gondoltunk. A petefészekmozaicizmus-modell alapján a 21-es triszómia (vagy bármely gyakori triszómia) a kromoszóma praemeioticus mitózisban bekövetkező szegregációs hibájára vezethető vissza. A meiosisba lépő örökítősejt tehát már egy eleve triszómiás petesejt lesz, melynek így a későbbiekben a szükségszerű (úgynevezett „szekunder”) nondiszjunkciója zajlik. A triszómiás petesejtek érésükben lemaradni látszanak a diszómiás (azaz normális) petesejtekhez képest. Az idő előrehaladtával a petefészekben relatíve felhalmozódnak: a triszómiás/diszómiás petesejtek aránya kedvezőtlenebb lesz előrehaladott anyai életkorban. Ha gátoljuk az ovulációt – bár az apoptózis miatt a petesejtek száma továbbra is csökkenni fog –, feltételezhető, hogy a triszómiás/diszómiás petesejtek aránya nem romlik, idősebb anyai életkorban is kedvezőbb marad. Összefoglaló közleményünkben – korábbi adataink bemutatásával és kiegészítésével – arra szeretnénk rámutatni, hogy a petefészekmozaicizmus-modell alapján idősebb anyai életkorban vállalt terhesség esetén előnyös lehet az anamnézisben szereplő hosszabb távú orális fogamzásgátlás. Orv Hetil. 2018; 159(28): 1146–1152.

Open access
Orvosi Hetilap
Authors: Emese Irma Ágoston, Evelin Horváth, Balázs Győrffy, László Harsányi and A. Marcell Szász

Absztrakt:

A colorectalis daganatra ma már igen heterogén betegségként tekintünk, mely heterogenitást a kialakulásában szerepet játszó genetikai faktorok, molekuláris eltérések, különböző jelátviteli útvonalak, valamint mikro- és makrokörnyezeti tényezők okoznak. A korábban ismert „klasszikus” adenoma-carcinoma szekvencia mellett az elmúlt évtizedben egy másik, alternatív útvonal is felismerésre került. Ezt „fogazott” útvonalnak nevezzük, mely az elváltozások kb. egyharmadáért felelős. Ezek a laesiók a molekuláris tulajdonságaikon felül makroszkópos és mikroszkópos képükben és progressziós hajlamukban, illetve prognózisukban is eltérnek a klasszikus útvonal daganataitól. Az alábbi összefoglaló közlemény ezen eltérések molekuláris tulajdonságait, makroszkópos és szövettani jellegzetességeit, illetve klinikai jelentőségét szemlélteti. Orv Hetil. 2018; 159(6): 206–214.

Open access
Orvosi Hetilap
Authors: Balázs Győrffy, László Rosivall, Zoltán Prohászka, András Falus, György Füst, Gyöngyi Munkácsy and Tivadar Tulassay

Az öregedő lakosság ellátása egyre nagyobb kihívást jelent Európában. Az eredményesebb gyógyítás és megelőzés érdekében javítani kell a rendelkezésre álló technológiai eszközök felhasználását, hogy felgyorsuljon a betegségasszociált rizikófaktorok és gének azonosítása. E feladat megvalósításának azonban előfeltétele egy ellenőrzött minőségű, jól osztályozott és elegendően nagy betegminta-gyűjtemény/bank létrehozása, amelyben a DNS/szérum/plazma/sejtek/szövetek/RNS/fehérje fizikai tárolása egy információ alapú infrastruktúrával kombinálva garantálja a kutatók számára a minták és adatok széles körű hozzáférését. A Danubian Biobank egy olyan kezdeményezés, mely egyetemeket, oktató kórházakat és rehabilitációs klinikákat kapcsol össze a Duna mentén lévő, illetve az ezzel szomszédos államokban. A tudományos program fő célja a vascularis betegségek (pl. myocardialis infarktus, stroke, szívelégtelenség, artériás trombózis, veseelégtelenség), a metabolikus betegségek (pl. obesitas, diabétesz, metabolikus szindróma) és a neurodegeneratív betegségek (pl. demenciaszindrómák, Parkinson-kór) vizsgálata. A biobankprojekt egyes részfeladatainak megoldására munkacsoportok jöttek létre, hogy segítsék a betegek bevonásának, minták és adatok kezelésének, népegészségügyi, epidemiológiai, genetikai technológiai alkalmazásoknak és a kutatási stratégiáknak az összehangolását. A folyamatosság, illetve belső fejlesztés, optimalizálása érdekében a konzorcium, illetve az egyes munkacsoportok önmagukban is rendszeresen konferenciákat szerveznek, valamint az együttműködést finanszírozó pályázatokat készítenek.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Barna Vásárhelyi, Péter Bencsik, Ágnes Szmolenszky, Mária Judit Molnár, Balázs Győrffy, György Kosztolányi, Tivadar Tulassay and András Falus

A genomikai vizsgálatok – elsősorban a genetikai polimorfizmus- és a génexpressziós vizsgálatok, valamint a betegségek kockázata közötti kapcsolat elemzése – egyre nagyobb szerepet kap az orvosi kutatásokban. Ezek természetszerűleg elválaszthatatlanok a betegek mintáitól. A gyűjtött, tárolt és megfelelen regisztrált biológiai minták, valamint hozzájuk tartozó klinikai adatok összességükben a biobankot alkotják. A biobankok együttműködésével, az itt tárolt minták és adatok kollaboratív megosztásával számottevően nő a kutatás hatékonysága. A szerzők közleményükben magyarországi kezdeményezésekről számolnak be, melyek célja biobankregiszterek kialakítása, az egyes biobankok működésének a feltérképezése és összehangolása. Bemutatják az Országos Biobank-honlap, a Semmelweis Biobank, a ritka betegségekre szakosodott Orphanet, a neurológiai és pszichiátriai betegségben szenvedők mintáira kifejlesztett NEPSYBANK szerkezetét, célkitűzéseit. Az utóbbi években egyre több biobankot hoznak létre genomikai vizsgálatok céljára. A közeljövőben a törvényi háttér szabályozásával ez a folyamat várhatóan felgyorsul, és jobban koordinálhatóvá válik. Várható, hogy a bemutatott biobankhálózatok ebben segíteni fognak.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Balázs Győrffy, Ferenc Sipos, Sándor Spisák, Anna Mária Németh, Pál Miheller, Elek Dinya, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopsziák nagy teljesítményű oligonukleotid microarray-vizsgálata segítségünkre lehet a helyi patofiziológiai eltérések megértésében, valamint elősegítheti a colorectalis adenomák, karcinómák és gyulladásos bélbetegségek funkcionális klasszifikációját. Módszerek: 15 vastagbélrákos, 15 adenomás, 14 gyulladásos bélbetegségben szenvedő beteg biopsziás mintájából teljes ribonukleinsav izolálását, amplifikációját és biotinos jelölését végeztük. A teljes genomszintű génexpressziós mintázat meghatározása Human Genome U133 Plus 2.0 microarray-ken történt. Két független normalizációs módszert követően a diagnosztikus génmintázat meghatározására „Prediction Analysis of Microarrays” módszert használtunk. Leave one-out lépésenkénti diszkriminanciaelemzést végeztünk. Az expressziós eredményeket valós idejű polimeráz láncreakcióval igazoltuk. Eredmények: Adenomában a „top” igazolt gének a következők voltak: CD44-antigén, met proto-onkogén, kemokin ligand-12, ADAM-szerű decizin-1 és az ATP-kötő kazetta-A8; vastagbélrákban a kollagén-IVα1, lipokalin-2, kalumenin, akvaporin-8; és gyulladásos bélbetegségben a lipokalin-2, ubikvitin D és az interferon indukálta transzmembrán-fehérje-2. A diszkriminanciaelemzéssel kapott elkülönítő gének expressziója alapján átlagosan 96,2%-os pontossággal csoportosíthatók a minták. A Taqman valós idejű polimeráz láncreakcióval vizsgált, 52 kiválasztott gén 94%-ának expressziós szintje szignifikánsan korrelált az Affymetrix microarray vizsgálatban kapott eredményekkel ( p < 0,05). Következtetések: Biopsziás minták felhasználásával sikeresen végeztünk teljes genomszintű expressziós microarray-vizsgálatot, amely alkalmasnak bizonyult elkülönítő génmintázatok azonosítására. Eredményeink további elemzésekre felhasználható génexpressziós adattárat biztosítanak.

Restricted access
Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica
Authors: Balazs Ittzes, Eva Szentkiralyi, Zoltan Szabo, Istvan Z. Batai, Ors Gyorffy, Tamas Kovacs, Istvan Batai and Monika Kerenyi

Abstract

Infection is one of the most feared hospital-acquired complications. Infusion therapy is frequently administered through a central line. Infusions facilitating bacterial growth may be a source of central line-associated bloodstream infections. On the other hand, medications that kill bacteria may protect against this kind of infection and may be used as a catheter lock.

In this study, we examined the impact of amiodarone on bacterial growth. Amiodarone is used for controlling cardiac arrhythmias and can be administered as an infusion for weeks. Standard microbiological methods have been used to study the growth of laboratory strains and clinical isolates of Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and multidrug-resistant Acinetobacter baumannii in amiodarone. The minimum inhibitory concentration (MIC) of amiodarone was determined. Bacterial growth from in use amiodarone syringes and giving sets was also investigated.

Most examined strains were killed within 1 min in amiodarone. The other strains were killed within 1 h. The MICs of amiodarone were <0.5–32 μg/mL.

Amiodarone infusion is unlikely to be responsible for bloodstream infections as contaminating bacteria are killed within 1 h. Amiodarone may also protect against central line infections if used as a catheter lock.

Open access
Orvosi Hetilap
Authors: A. Marcell Szász, Balázs Ács, Emese Ágoston, Zsófia Sztupinszki, Anna-Mária Tőkés, Liliána Szittya, Borbála Székely, Miklós Szendrői, Qiyuan Li, László Harsányi, József Tímár, Zoltán Szállási, Charles Swanton, Balázs Győrffy and Janina Kulka

Bevezetés: Közepesen differenciált (grade 2) tumorok esetén a beteg prognózisa és a terápia eredményessége e tényező alapján nem becsülhető meg biztonsággal. Célkitűzés: Vizsgálni a szerzők által leírt, kromoszomális instabilitást tükröző prognosztikus génexpressziós indexet kiegészítve további génekkel egy kiterjesztett betegcsoporton. Módszerek: Publikus adatbázisokból választottak ki kilenc cél-, valamint három kontrollgént. Ezek expresszióját valós idejű polimeráz láncreakcióval határozták meg. Az analízisben 249, formalinban fixált, paraffinba ágyazott emlőcarcinoma vizsgálatát végezték el és az eredményeiket a betegségmentes túléléssel összefüggésben elemezték. Eredmények: A gének expressziójának mértéke alapján a grade 2 carcinomák a grade 1, illetve a grade 3 tumorokhoz hasonló prognózisú csoportokra különültek el. Pusztán a FOXM1, TOP2A és CLDN4 gének együttes vizsgálatával a grade 2 daganatok magas és alacsony kockázatú alcsoportokba oszthatóak. Következtetés: Megfelelően választott kontrollgének vizsgálatával három célgén expressziója alapján a hisztológiai grade-től függetlenül elkülöníthető az emlőcarcinomák jó és rossz prognózisú csoportja. Orv. Hetil., 2013, 154, 627–632.

Open access