Search Results
You are looking at 1 - 10 of 15 items for
- Author or Editor: Mária Benkő x
- Refine by Access: All Content x
To explore the diversity of some DNA viruses in reptiles, a continuous screening is going on, in our laboratory, by PCR using different consensus primers designed for the detection of the most conserved genome regions of adeno-, herpes- and parvoviruses. The test material consists essentially of dead specimens collected randomly from private pet owners, local pet shops, or at occasional exotic pet fairs. Here we report the partial sequence of a putative novel parvovirus obtained from a dead checkerboard worm lizard (Trogonophis wiegmanni) that had been wild-caught in its native habitat. An in-house-developed PCR with consensus primers targeting the gene of the parvoviral capsid protein was used. Other PCRs, intended to detect certain large DNA viruses, remained negative. The sequence of the PCR product indicated the presence of a hitherto unknown parvovirus in the internal organs of the checkerboard worm lizard. In phylogeny reconstruction, the novel sequence clustered with the members of the Dependovirus genus of the Parvoririnae subfamily, closest to the branch of snake adeno-associated virus. Since we could not demonstrate the presence of a potential helper virus, the putative amphisbaenian parvovirus supposedly can replicate autonomously. This is the first virus infection ever detected in any members of the suborder Amphisbaenia, and only the third parvoviral sequence obtained from any reptilian host.
The DNA of the prototype strains of ovine adenovirus (OAdV) 1 through 5 was analysed by restriction enzyme (RE) digestion. The RE patterns generated by Hindlll and PstI enzymes were characteristic of the examined strains. OAdV-2 and 3 resembled each other the most, and their EcoRI and Hindlll patterns seemed to be identical. Considering the number of comigrating fragments, serotypes OAdV-2, 3, 4 and 5 looked more closely related to each other than to OAdV-1. This finding was strengthened by Southern blot hybridisations probed with random Hindlll clones of OAdV-3. The estimated genome size of the examined OAdV types ranged between 31.9 and 32.8 kilobase pairs. The results supported the new genus classification of OAdVs.
Adenoviruses are frequent infectious agents in different poultry species. The traditional, serological typing of new isolates by virus neutralisation tests is now in transition to be replaced by PCR and sequencing. The first PCRs, recommended for the detection of adenoviruses, had been designed to target the gene of the major capsid protein, the hexon. In birds, members of three different genera of the family Adenoviridae may occur. Accordingly, three specific hexon PCRs had to be elaborated for the detection of adenoviruses in poultry. A significantly more sensitive PCR, targeting the viral DNA-dependent DNA polymerase gene, has been described recently. This method proved to be an efficient alternative for the general detection of adenoviruses irrespective of their genus affiliation. Fowl adenoviruses (FAdVs), isolated from chicken to date, comprise twelve serotypes classified into five virus species (FAdV-A to E). The polymerase gene sequence has been determined yet only from three FAdV types representing three species. In the present work, the panel of polymerase gene sequences was completed with those of the rest of FAdVs. The newly determined sequences will facilitate the identification of new FAdV isolates as an existing species or as a putative new FAdV. Once the polymerase sequence is known, more specific PCRs for the amplification of the hexon and other genes can be designed and performed according to the preliminary species classification.
Abstract
By a broad-range PCR, we detected a novel herpesvirus (HV) in the specimen of a wels catfish (Silurus glanis) presenting disseminated, carp pox-like dermal lesions all over its body. The sequence analysis of the 463-bp PCR product from the viral DNA polymerase gene indicated the presence of a hitherto unknown virus, a putative member of the family Alloherpesviridae in the sample. Another PCR, targeting the terminase gene of fish HVs, provided an additional genomic fragment of over 1,000 bp. Surprisingly, the sequence of a co-amplified, off-target PCR product revealed its origin from a putative gene homologous to ORF87 and ORF45 of cyprinid HVs and anguillid herpesvirus 1 (AngHV-1), respectively. With specific primers, designed according to the genomic maps of the cyprinid and anguillid HVs, a genomic fragment of 15 kb was also amplified and sequenced by primer walking. In phylogeny inferences, based on several genes, the putative wels catfish HV clustered closest to various cyprinid HVs or to AngHV-1. The novel virus, named as silurid herpesvirus 2, represents a distinct species in the genus Cyprinivirus. However, its association with the skin disease remains unclear.
The negative samples of a collection, established originally for seeking new adeno- and herpesviruses in lower vertebrates, were screened for the pres-ence of circoviruses by a consensus nested PCR targeting the gene coding for the replication-associated protein. Six fish samples representing five species, namely asp (Aspius aspius), roach (Rutilus rutilus), common bream (Abramis brama), round goby (Neogobius melanostomus) and monkey goby (Neogobius fluviatilis), as well as three frog samples were found positive for circoviral DNA. Sequence analysis of the amplicons indicated the presence of three novel putative circo-like viruses and a circovirus in Hungarian fishes and one novel circovirus in a common toad (Bufo bufo), and another one in a dead and an alive specimen of green tree frog (Litoria caerulea), respectively. In phylogeny reconstruction, the putative bream circovirus clustered together with circoviruses discovered in other cyprinid fishes recently. Three other piscine circoviral sequences appeared closest to sequences derived from different environmental samples. Surprisingly, the nucleotide sequence derived from two fish samples (a bream and a monkey goby) proved to be from porcine circovirus 2 (PCV2), almost identical to a sequence detected in Sweden previously. This is the first report on the detection of PCV2 in fish and circoviral DNA in amphibian hosts.
Bevezetés: A bakteriális rezisztencia visszaszorítására az antibiotikumok átgondolt alkalmazása lehetséges beavatkozási pont. Célkitűzés: A hazai ambuláns antibiotikum-alkalmazás gyakorlatának nemzetközi minőségi indikátorokon keresztül történő bemutatása. Módszer: Az 1996–2010 közötti időszakra vonatkozó nyers, nagykereskedői eladásokon alapuló, ambuláns szisztémás antibiotikum-felhasználási adatokat az Egészségügyi Világszervezet 2010. évi napi terápiás dózisai (defined daily dose – DDD) figyelembevételével DDD/1000 fő/nap egységben adták meg. Az antibiotikum-felhasználás értékelésére a nemzetközileg kidolgozott és validált minőségi indikátorokat alkalmazták. Eredmények: A hazai ambuláns antibiotikum-alkalmazás a vizsgálat során mennyiségileg kiegyenlített (18,0±1,8 DDD/1000 fő/nap) volt, szerkezetében azonban jelentős változások történtek. A széles versus szűk spektrumú béta-laktámok és makrolidek felhasználási aránya többszörösére nőtt (1996: 2,2 vs. 2010: 15,8), a fluorokinolonok felhasználása megháromszorozódott. A vizsgált tíz minőségi indikátor közül Magyarország három indikátor esetében az európai elithez, négy, valamint három esetében a gyengébb, illetve leggyengébb országok közé tartozott. Következtetés: A hazai ambuláns antibiotikum-felhasználás mennyiségileg a skandináv, az összetétel tekintetében a déli országokhoz hasonlít. Orv. Hetil., 2013, 154, 947–956.
Az antibiotikum ambuláns alkalmazásának jellemzői és tendenciái Magyarországon (2010–2019)
The characteristics and trends of Hungarian outpatient antibiotic use (2010–2019)
Összefoglaló. Bevezetés: Az antibiotikumok észszerű alkalmazása kulcsfontosságú a hatékonyságuk megőrzésében és a néhol kritikus méreteket öltő antibiotikumrezisztencia visszaszorításában. Célkitűzés: A hazai ambuláns antibiotikumfelhasználás jellemzőinek, trendjeinek bemutatása. Módszer: A 2010 és 2019 közötti időszakra vonatkozó, dobozszámban kifejezett ambuláns szisztémás antibiotikumfelhasználási adatokat – a WHO 2019. évi indexe alapján – „defined daily dose” (DDD – napi átlagdózis) egységbe konvertáltuk. Standardizált technikai egységünk a DDD/1000 fő/nap volt (DID). Az antibiotikumfelhasználás értékelésére nemzetközileg elfogadott minőségi indikátorokat alkalmaztunk. Eredmények: Az antibiotikumfelhasználás mértéke kismértékű ingadozást mutatott (min.: 12,9 DID, max.: 14,7 DID), viszont a szezonális ingadozás a teljes megfigyelt időszakban jelentős mértékű volt. A széles versus szűk spektrumú béta-laktámok és makrolidek felhasználási hányadosa évről évre tovább emelkedett (2010: 13,3 vs. 2019: 71,6), a fluorokinolonok alkalmazási aránya továbbra is meghatározó (2010: 14,3%, 2019: 14,5%). A vizsgált 12 minőségi indikátor közül a tanulmány nyitó évében 4, a tanulmány záró évében 6 indikátor esetében a legkedvezőtlenebbül teljesítő európai országok közé tartoztunk. Megbeszélés: A hazai antibiotikumalkalmazás mértéke európai mérce szerint nem magas, de csökkentésére látszik lehetőség; mintázata szuboptimális, és az évek során kedvezőtlen irányba változott. Következtetés: A kapott antibiotikumfelhasználási adatok s azok értelmezése alapján rendkívül sürgető morális kötelesség a szakmai és hatósági intervenciókra épülő hazai antibiotikumstratégia és -akcióterv mielőbbi kidolgozása, implementálása. Orv Hetil. 2022; 163(4): 140–149.
Summary. Introduction: Prudent antibiotic use is an important tool to preserve their effectiveness as well as reverse and confine antibiotic resistance. Objective: To evaluate the trends and characteristics of Hungarian outpatient antibiotic use. Methods: Crude, package level antibiotic sales data for the period 2010–2019 were converted into DDD (defined daily dose) and were standardized for 1000 inhabitants and per year (ATC-DDD index, version 2019). Internationally validated drug-specific quality indicators were used to evaluate antibiotic use. Results: The scale of antibiotic use was stagnating with minimal fluctuation (min.: 12.9 DID, max.: 14.7 DID), and with high intra-year seasonality index. The ratio of the consumption of broad to narrow spectrum beta-lactams and macrolides increased gradually from year to year (2010: 13.3 vs. 2019: 71.6) and the relative consumption of fluoroquinolones is still remarkable (2010: 14.3%, 2019: 14.5%). Out of the twelve surveyed drug-specific quality indicators in the first and last year of analysis, we were ranked among the weakest European countries in the case of four and six indicators, respectively. Discussion: The scale of Hungarian outpatient antibiotic use is not high, in European comperison, but has some reserve capacity for reduction. The pattern of Hungarian antibiotic use is suboptimal and had further decreased quality through the years. Conclusion: Based on the recorded data of antibiotic use and their interpretation, the development of national antibiotic strategy (including both professional and authority interventions) is a pressing moral obligation. Orv Hetil. 2021; 163(4): 140–149.
One of the plasmids present in a Haemophilus somnus strain isolated from nasal discharge of a cattle with respiratory disease was purified and cloned for DNA sequencing. The plasmid was found to be 1065 base pairs long with 39.2% G+C content, and showed no homology to any DNA sequenced so far. It has no capacity to code any protein longer than 43 residues. It is not clear yet if this plasmid codes Haemophilus somnus specific factors.
The full sequence of the fiber gene and partial sequence of the putative 17 kD protein gene of bovine adenovirus-2 (BAdV-2) were determined. The size of the fiber gene of BAdV-2 proved to be 561 amino acids, of which the amino acids 37 to 385 form a typical shaft domain of 22 repetitive motifs. On the complementary strand, a gene homologous to the 17 kD protein coded in the E4 region of several human adenoviruses was found. The sequence analysis seems to confirm the presence of an intron in the sequenced part of the E4 region.
Absztrakt
Bevezetés: A bakteriális rezisztencia közegészségügyet fenyegető probléma, amely mérsékelhető, lassítható megfelelő antibiotikum-alkalmazással. Célkitűzés: A hazai fekvőbeteg-ellátás szisztémás antibiotikum-felhasználásának bemutatása. Módszer: A kórházi antibiotikum-felhasználási adatokat az Egészségügyi Világszervezet anatómiai-terápiás-kémiai rendszere szerint osztályozták és a Defined Daily Dose metodika szerint kvantifikálták. A standardizálás kórházi betegforgalmi mutatókra, valamint – a nemzetközi összehasonlítás végett – populációra történt. Eredmények: A fekvőbetegszektor antibiotikum-felhasználása az elmúlt 20 évben mennyiségileg kiegyenlített volt (22,4 ± 1,5 DDD/100 ápolási nap), mintázata folyamatos változáson ment keresztül. Megfigyelhettük a parenteralis készítmények alkalmazásának emelkedését (1996-ban 26,4%, 2015-ben 41,6%). Kiemelendő a felhasználás összetételének homogenizálódása az amoxicillin-klavulánsav térnyerése miatt, a fluorokinolon (2,3 vs. 4,2 DDD/100 ápolási nap) és a harmadik generációs cefalosporinfelhasználás (1,0 vs. 2,9 DDD/100 ápolási nap) jelentős emelkedése, valamint a szűk spektrumú penicillinek kiszorulása. Következtetés: A hazai kórházi antibiotikum-felhasználás mennyiségileg alacsony. Ez, illetve a felhasználás mintázatában tapasztalt, nemzetközi mércével is alátámasztott alul- vagy felülreprezentált felhasználás okának és indokoltságának megítélése további vizsgálatot igényel. Orv. Hetil., 2016, 157(46), 1839–l846.
