Search Results

You are looking at 1 - 10 of 14 items for

  • Author or Editor: Orsolya Galamb x
Clear All Modify Search

Despite tremendous progress in the past few decades, certain important aspects regarding the diagnosis, therapy, and follow-up of colorectal cancer still remain unsolved. In our study we searched for biomarkers of the development of colorectal carcinoma, and performed gene expression analysis for colorectal disease classification. We have established that the oligonucleotide microarray analyses of biopsy samples wholly fulfill the Affymetrix quality requirements, are highly standard and reproducible and the Taqman Microfluidic Card System is suitable for high-throughput, quick and cost efficient real-time-PCR validation of gene expression changes. We have shown that the sequential overexpression of osteopontin and osteonectin mRNAs and proteins significantly correlates with the progression of the colorectal adenoma-dysplasia-carcinoma sequence. We have identified and validated ten novel markers with continuously increasing mRNA expression in line with the adenoma-dysplasia-carcinoma transition. We have identified the top 27, 13 and 10 genes associated with adenoma, colorectal cancer, and inflammatory bowel diseases.

Restricted access

A vastagbéldaganatok korai diagnosztikája, terápiája, követése napjainkban sem teljesen megoldott. Munkánk során a vastagbéldaganatok biomarker-vizsgálatát, génexpressziós elemzését és osztályozását végeztük. Munkacsoportunk vizsgálatai alapján megállapítható, hogy a biopsziás minták oligonukleotid microarray-vizsgálati módszere az Affymetrix minőségi kritériumoknak messzemenően megfelelő, standardizált és jól reprodukálható. Megállapítottuk továbbá, hogy a Taqman mikrofolyadék-kártyarendszer alkalmas a chipen mért génexpressziós változások nagy teljesítményű, gyors és költséghatékony valós idejű PCR-es megerősítésére. Kimutattuk azt is, hogy az oszteopontin és az oszteonektin fokozatosan emelkedő mRNS- és fehérjeexpressziója erősen korrelál a vastagbél adenoma-dysplasia-carcinoma szekvencia előrehaladásával. Tíz, a colorectalis adenoma-dysplasia-carcinoma átmenettel párhuzamosan fokozódó mRNS-expressziójú, valós idejű PCR-rel is megerősített szöveti markert azonosítottunk, amelyet még nem írtak le az irodalomban. Vizsgálataink során 27, 13, illetve 10 „top” gént azonosítottunk, amelyek mRNS-expressziós mintázata a vastagbél-adenomával, a colorectalis carcinomával, illetve a gyulladásos bélbetegségekkel asszociálódik.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Krisztina Fischer, Orsolya Galamb, Béla Molnár, Zsolt Tulassay and András Szabó

A gyermekkori nephrosis 90%-a idiopathiás nephrosis szindróma. Az idetartozó három kórkép, a minimal change betegség, a mesangialis proliferatio és a focalis sclerosis hasonló klinikai képpel jelentkező, eltérő prognózisú és terápiás válaszú betegség. Dolgozatunk célja az idiopathiás nephrosis szindrómába tartozó kórképek kialakulásával, progressziójával összefüggő genetikai ismeretek, génexpressziós változások áttekintése és funkcionális csoportosítása. A génexpressziós változások meghatározásának eszközeként, dolgozatunk röviden összefoglalja a northern blot, a ribonuclease protection assay, az in situ RNS-hibridizáció, a kvantitatív RT-PCR és a microarray módszerek lényegét. Az eddig elvégzett vizsgálatok a DNS-szintézis és repair gének, növekedési faktorok, extracelluláris mátrix, extracelluláris ligandreceptorok, extracelluláris jelátvitel zavarai mellett kiemelik a metabolikus és transzporter gének, illetve az immunszabályozó gének molekuláris eltéréseit, amelyek összefüggésben vannak az idiopathiás nephrosis szindróma eddig megismert molekuláris hátterével. A chiptechnológia fejlődésével és elterjedésével ezek a markerek és a hagyományos vizsgálati módszerek párhuzamos alkalmazása rutindiagnosztikai szempontból is fontossá válhat.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Krisztina Hagymási, Béla Molnár, Ferenc Sipos, Orsolya Galamb and Zsolt Tulassay

A colorectalis rák a második leggyakoribb halálok hazánkban és a fejlett országokban is. A kórkép gyakori előfordulását az epithelsejtek gyors életciklusa, anyagcseréje, illetve a táplálkozási karcinogének közvetlen hatása magyarázza. A legújabb felfogás szerint a rák az őssejtek betegségének tekinthető. Ismereteink az utóbbi években jelentősen bővültek a emésztőrendszeri őssejtek elhelyezkedéséről (niche), sejtciklusukról, szabályozásukról (Notch, illetve Wnt/β-catenin jelrendszer) és markereikről (mathusashi-1, β-catenin). Az őssejtek és a daganatsejtek számos tulajdonságukban – önmegújító és proliferációs képességükben is – hasonlítanak egymáshoz. Újonnan merült fel a gyulladásos jelekre bevándorló csontvelő-eredetű őssejtek szerepe a daganatképződésben. A helyi vagy bevándorló őssejtek malignus átalakulásának okai mutációk (APC-, MMR-gének) vagy metiláció (CDKN2A, p16/INK4a, MGMT, MLH1) lehetnek. A dysplasiás sejtek terjedése még tisztázásra vár.

Restricted access

Az mRNS expressziós chippel való vizsgálati módszer elterjedésével egyre nagyobb igény merült fel az eredmények fehérjechipekkel történő validálására. A szerzők a különböző fehérjechip-módszerek előnyeit, hátrányait, alkalmazási lehetőségeit, eddigi eredményeit mutatják be. A fehérjék chip- vagy array-alapú analízisének speciális gátjai a molekulák bomlékonysága, a nem specifikus kötődés lehetősége és az amplifikációs módszerek hiánya. Ma üvegtárgylemez-alapú nyomtatott, SELDI MS-alapú, elektroforézis-alapú és szövettani mikroblokkmódszerek különböztethetők meg. Az üvegalapú chipek előnye az egyszerű alkalmazhatóságuk, a kisebb költségük. A SELDI-alapú fehérjechipek viszonylag nagy költséggel (tömegspektrométer), kis anyagmennyiségből (<1 µg) is tudnak profilkülönbségből adódó eredményt adni. Az elektroforézis-alapú eljárások még nem kiforrottak. A szöveti mikroblokkok az egyes antitestek szöveti és betegségspecificitásának meghatározását teszik lehetővé. A fehérjechipek eddigi alkalmazása a szérumban a betegségspecifikus mintázatok felderítésére, a daganatspecifikus jelátviteli utak kutatására, az mRNS expressziós vizsgálatok eredményeinek ellenőrzésére, igazolására szolgáltak. A fehérjechipek érzékenységének, specificitásának növekedése, valamint a költségek és a szükséges minta mennyiségének csökkenése elvezethet rutindiagnosztikai felhasználásukhoz.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Sándor Spisák, Barnabás Galamb, Barnabás Wichmann, Ferenc Sipos, Orsolya Galamb, Norbert Solymosi, Balázs Nemes, Zsolt Tulassay and Béla Molnár

Háttér: A vastagbéldaganatok kialakulásának és progressziójának molekuláris folyamata, valamint az ennek hátterében álló fehérjeszintű változások nem ismertek. A microarray-rendszerek alkalmazása több száz vagy ezer fehérjekomponens párhuzamos vizsgálatával újabb információkat adhat ezeknek a kérdéseknek a megválaszolásához. Célkitűzés: A daganatkialakulás és -progresszió fehérjeszintű markereinek azonosítása ellenanyagcsipekkel, valamint validálása szöveti microarray-rendszerrel. Célunk továbbá olyan fehérjeszintű markerkombinációk azonosítása, amelyek lehetővé teszik a korai és kései vastagbéldaganatok molekuláris módszerekkel történő elkülönítését és diagnosztizálását. Anyag és módszer: Tíz Dukes B, valamint 6 Dukes D stádiumú beteg sebészi úton eltávolított, friss fagyasztott daganatos és ép mintáit vizsgáltuk meg. A homogenizált mintákból nyert nyers fehérjepreparátumokat Clontech AB500 array-re hibridizáltuk. Tizenkét kiválasztott gén validálása szöveti microarray (TMA) -technológiával történt. Eredmények: A makroszkóposan ép és daganatos területek között 67 szignifikáns, fehérjeszinten eltérő expressziót mutató gént azonosítottunk (p < 0,05), amelyek az apoptózis (5), sejtciklus-szabályozás (7), transzkripciószabályozás (4) és DNS-replikáció (6), illetve más olyan, mint transzport, sejtadhézió (45) sejtfunkcióiban vesznek részt. Immunohisztokémiai alapú TMA-val igazoltuk 12 marker: a CYCA1, HSP60, TOP1, APC, CBP, ERK, EGFR, C-myc, Cald, DARPP32, MRE11A, AR, EPS8 génekben kapott eltéréseket morfológiai szinten is. Megbeszélés: Eredményeink szerint a tumoros kialakulás fehérjecsippel meghatározott, morfológiai szinten ellenőrzött markerei a sejtfunkció széles spektrumát érintik. A daganat progressziós markerei az apoptózis, sejtciklus szabályozása és a jelátviteli utak sejtfunkcióit érintik. Sikerült egy olyan 6 fehérjéből álló markerkombinációt meghatároznunk, amely lehetővé teszi a korai és késői daganatok elkülönítését.

Open access
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Ferenc Sipos, Elek Dinya, Sándor Spisák, Áron Somorácz, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopszia általános mRNS-expressziós analízise segíthet a helyi kóros elváltozások molekuláris hátterének megismerésében, a gyulladásos és daganatos colonbiopsziák molekuláris mintázat alapján történő osztályozásához. Módszerek: Friss fagyasztott endoszkópos vastagbél-biopsziából teljes RNS kivonása és T7-módszerrel való amplifikációja történt. A génexpressziós mintázatot Atlas Glass 1K microarray-ken határoztuk meg. A microarray minőségi ellenőrzés után a következő minták adatai voltak értékelhetők: 10 colonadenoma, 6 vastagbélrák (CRC) és gyulladásos bélbetegség (IBD: 3 colitis ulcerosa és 3 Crohn-colitis). Többváltozós statisztikai és sejtfunkcionális elemzés történt. Az expressziós adatokat valós idejű RT-PCR-rel és immunhisztokémiával erősítettük meg. Eredmények: A kiválasztott gének diszkriminanciaanalízisével helyesen a 22 minta 4 paraméter alapján (hősokktranszkripciós faktor-1, bystin-szerű, kalgranulin-A, TRAIL receptor-3) osztályozható volt. A gyulladásos bélbetegségekben a kemokin ligand-13, a replikációs protein A1, az E74-szerű faktor-2 fokozott működése, és a TNF-receptor-asszociált faktor-6, a BCL2-interacting killer gének csökkent működése volt jellemző. Adenomában növekedett TNF-receptor-asszociált faktor-6, replikációs protein A1 és E74-szerű faktor-2, valamint csökkent BCL2-asszociált X protein és kalgranulin-A mRNS expresszió volt kimutatható. A vastagbélrákban szignifikánsan megnövekedett az epidermális növekedési faktor receptor, a topoizomeráz-1, a v-jun, a TNF-receptor-asszociált faktor-6 és a TRAIL receptor-3 expressziója, és csökkent a RAD51 és a RAD52 DNS-javítási gének, a protein-foszfatáz-2A és BCL2-interacting killer-mRNS szintje. Az eredményeket epidermális növekedési faktor RT-PCR, immunhisztokémia és topoizomeráz-1 RT-PCR is megerősítette. Következtetések: A biopsziás vastagbélminták objektív, génexpressziós mintázatokon alapuló osztályozása megvalósítható a cDNS microarray-vizsgálatok eredményeinek funkcionális és többváltozós elemzésével. Betegségspecifikus génexpressziós mintázatok megismerése segítséget nyújthat a nem egyértelmű szövettani diagnózis kiegészítésében, pontosításában.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Sándor Spisák, Alexandra Kalmár, Orsolya Galamb, Ferenc Sipos, Barnabás Wichmann, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A DNS metilációs mintázatának megváltozása a tumorok kialakulása során bizonyítottan fontos folyamat. Ez azonban a tumorok különböző mikrokörnyezetében különböző módon játszódik le, amelynek teljes genomszinten történő tanulmányozására még nincs hatékony, nagy áteresztőképességű módszerünk. Célkitűzés: Munkánk célja az, hogy azonosítsuk a vastagbéldaganatok kialakulásában és progressziójában szerepet játszó, DNS-metiláció által szabályozott géneket, génexpressziós vizsgálati módszerek felhasználásával. Ennek alapján olyan génexpresszión alapuló módszert mutatunk be, amely lézerrel kimetszett minták és metilációs sejtkultúra modell együttes felhasználásával lehetővé teszi a vastagbéldaganatokban zajló metilációs események genomszintű tanulmányozását. Anyag és módszer: HT-29 colorectalis adenocarcinoma-sejteket kezeltünk 10 μM 5-aza-2’-dezoxicitidin demetilációs ágenssel, majd meghatároztuk a kezelés hatására növekvő aktivitást mutató géneket. Ezzel párhuzamosan lézeres mikrokimetszéssel elkülönített ép, adenoma- és tumorszöveti mintákból 5000 hámsejtet gyűjtöttünk, majd azonosítottuk az adenoma–carcinoma szekvencia előrehaladtával szekvenciálisan csökkenő expressziót mutató géneket. A két géncsoport összehasonlításával meghatároztuk a feltehetően metilációs szabályozás alatt álló transzkriptumokat. Ezt követően független minták bevonásával RT-PCR megerősítést végeztünk. Következtetések: Az azonosított, adenoma–carcinoma szekvencia előrehaladtával csökkenő működésű gének szabályozása metilációs eseményekkel hozható összefüggésbe. Ennek alapján teljes genomszinten kimutathatók azok a géncsoportok – köztük például tumorszuppresszorok –, amelyek a betegség kialakulása és kórjóslata szempontjából kulcsfontosságúak. A módszerrel azonosított, vastagbéldaganatokra jellemző metilációs mintázatot mutató gének a jövőben kezelési célpontok lehetnek.

Open access
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Balázs Győrffy, Ferenc Sipos, Sándor Spisák, Anna Mária Németh, Pál Miheller, Elek Dinya, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopsziák nagy teljesítményű oligonukleotid microarray-vizsgálata segítségünkre lehet a helyi patofiziológiai eltérések megértésében, valamint elősegítheti a colorectalis adenomák, karcinómák és gyulladásos bélbetegségek funkcionális klasszifikációját. Módszerek: 15 vastagbélrákos, 15 adenomás, 14 gyulladásos bélbetegségben szenvedő beteg biopsziás mintájából teljes ribonukleinsav izolálását, amplifikációját és biotinos jelölését végeztük. A teljes genomszintű génexpressziós mintázat meghatározása Human Genome U133 Plus 2.0 microarray-ken történt. Két független normalizációs módszert követően a diagnosztikus génmintázat meghatározására „Prediction Analysis of Microarrays” módszert használtunk. Leave one-out lépésenkénti diszkriminanciaelemzést végeztünk. Az expressziós eredményeket valós idejű polimeráz láncreakcióval igazoltuk. Eredmények: Adenomában a „top” igazolt gének a következők voltak: CD44-antigén, met proto-onkogén, kemokin ligand-12, ADAM-szerű decizin-1 és az ATP-kötő kazetta-A8; vastagbélrákban a kollagén-IVα1, lipokalin-2, kalumenin, akvaporin-8; és gyulladásos bélbetegségben a lipokalin-2, ubikvitin D és az interferon indukálta transzmembrán-fehérje-2. A diszkriminanciaelemzéssel kapott elkülönítő gének expressziója alapján átlagosan 96,2%-os pontossággal csoportosíthatók a minták. A Taqman valós idejű polimeráz láncreakcióval vizsgált, 52 kiválasztott gén 94%-ának expressziós szintje szignifikánsan korrelált az Affymetrix microarray vizsgálatban kapott eredményekkel ( p < 0,05). Következtetések: Biopsziás minták felhasználásával sikeresen végeztünk teljes genomszintű expressziós microarray-vizsgálatot, amely alkalmasnak bizonyult elkülönítő génmintázatok azonosítására. Eredményeink további elemzésekre felhasználható génexpressziós adattárat biztosítanak.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Kinga Tóth, Orsolya Galamb, Sándor Spisák, Barnabás Wichmann, Ferenc Sipos, Katalin Leiszter, Jeannette Molnár, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A DNS-metiláció szerepet játszik a daganatképződés korai szakaszában. Kimutatása szövetből, székletből és perifériás vérből egyaránt lehetséges. A szeptin-9 érzékeny metilációs jelző, amelyet több daganatban, mint emlő- és petefészekrákban, valamint neurológiai és hematológiai betegségekben is vizsgáltak. A szeptinproteinek fontos szerephez jutnak a sejtváz organizációjától az embrionális mintázat kialakulásáig. Napjainkban intenzív kutatások folynak a szeptin-9 fokozott metilációja és a vastagbélrák kialakulása közötti összefüggés felderítéseire.

Open access