Search Results

You are looking at 1 - 10 of 44 items for :

  • "biopsy samples" x
Clear All

112 126 Galamb, O., Sipos, F., Dinya, E. et al.: Functional mRNA expression analysis and classification of colonic biopsy samples using overall cDNA microarray

Restricted access

Bevezetés: A Gleason-gradingrendszer jelenleg a legáltalánosabban elterjedt és ajánlott osztályozás prosztatakarcinóma esetében. Célkitűzés: A szerzők célja a Gleason-osztályozás reprodukálhatóságának felmérése, a patológusok közötti egyetértés vizsgálata volt prosztata-tűbiopszás mintákon. Módszer: 23 patológus vizsgált meg 37 prosztatakarcinómát tartalmazó biopsziás mintát hematoxilin-eozinnal festett metszetekben. A Gleason-pontszámokat (score) négy kategóriába sorolták (2–4, 5–6, 7 és 8–10). A vizsgálók közti egyetértés meghatározására kappa-statisztikát használtak. Eredmények: Az összes vizsgálóra vonatkoztatva, a Gleason-pontszámok alapján kialakított kategóriákba történő besorolás reprodukálhatóságát jellemző kappa-érték 0,49 volt. Az egyes kategóriákra és az összes vizsgálóra vonatkoztatva a legkisebb egyetértést (kappa = 0,15) a jól differenciált karcinómáknál, a legnagyobbat (kappa = 0,65) pedig a rosszul differenciált rákoknál találták. Következtetések: Az eredmények alapján a Gleason-pontszám (score) meghatározása a részt vevő magyar patológusok között mérsékelten reprodukálhatónak bizonyult. A különböző kappa-értékek a daganatok differenciáltságának megfelelően változtak, az irodalmi adatoktól lényegében nem tértek el. A reprodukálhatóság növelése érdekében célzott továbbképzés bevezetése mérlegelendő, ami a leletezés minőségének javulását eredményezhetné. Orv. Hetil., 2013, 154, 1219–1225.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Ferenc Sipos, Elek Dinya, Sándor Spisák, Áron Somorácz, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopszia általános mRNS-expressziós analízise segíthet a helyi kóros elváltozások molekuláris hátterének megismerésében, a gyulladásos és daganatos colonbiopsziák molekuláris mintázat alapján történő osztályozásához. Módszerek: Friss fagyasztott endoszkópos vastagbél-biopsziából teljes RNS kivonása és T7-módszerrel való amplifikációja történt. A génexpressziós mintázatot Atlas Glass 1K microarray-ken határoztuk meg. A microarray minőségi ellenőrzés után a következő minták adatai voltak értékelhetők: 10 colonadenoma, 6 vastagbélrák (CRC) és gyulladásos bélbetegség (IBD: 3 colitis ulcerosa és 3 Crohn-colitis). Többváltozós statisztikai és sejtfunkcionális elemzés történt. Az expressziós adatokat valós idejű RT-PCR-rel és immunhisztokémiával erősítettük meg. Eredmények: A kiválasztott gének diszkriminanciaanalízisével helyesen a 22 minta 4 paraméter alapján (hősokktranszkripciós faktor-1, bystin-szerű, kalgranulin-A, TRAIL receptor-3) osztályozható volt. A gyulladásos bélbetegségekben a kemokin ligand-13, a replikációs protein A1, az E74-szerű faktor-2 fokozott működése, és a TNF-receptor-asszociált faktor-6, a BCL2-interacting killer gének csökkent működése volt jellemző. Adenomában növekedett TNF-receptor-asszociált faktor-6, replikációs protein A1 és E74-szerű faktor-2, valamint csökkent BCL2-asszociált X protein és kalgranulin-A mRNS expresszió volt kimutatható. A vastagbélrákban szignifikánsan megnövekedett az epidermális növekedési faktor receptor, a topoizomeráz-1, a v-jun, a TNF-receptor-asszociált faktor-6 és a TRAIL receptor-3 expressziója, és csökkent a RAD51 és a RAD52 DNS-javítási gének, a protein-foszfatáz-2A és BCL2-interacting killer-mRNS szintje. Az eredményeket epidermális növekedési faktor RT-PCR, immunhisztokémia és topoizomeráz-1 RT-PCR is megerősítette. Következtetések: A biopsziás vastagbélminták objektív, génexpressziós mintázatokon alapuló osztályozása megvalósítható a cDNS microarray-vizsgálatok eredményeinek funkcionális és többváltozós elemzésével. Betegségspecifikus génexpressziós mintázatok megismerése segítséget nyújthat a nem egyértelmű szövettani diagnózis kiegészítésében, pontosításában.

Restricted access

Claudins are key tight junctional proteins between adjacent epithelial, mesothelial or endothelial cells, which are responsible for the permeability of the paracellular space. This paper describes that the endothelial cells of normal hepatic arterioles, portal venules and portal lymphatics as well as the endothelium of sinusoids from dogs show strong membranous claudin-5 cross-reactivity. In 25 liver biopsy samples taken from dogs with portal vein hypoperfusion, an increased number of arterioles was detected in the portal areas (PAs) by the use of humanised anti-claudin-5 antibody. The increased number of hyperplastic hepatic arterioles per PA was 5–6, 8–12 and 15–20 in the case of small, medium-sized and large PAs, respectively. It is suggested that the claudin-5 marker can improve the detection of hepatic arteriolar proliferation in the PAs of liver samples.

Restricted access

A vastagbéldaganatok korai diagnosztikája, terápiája, követése napjainkban sem teljesen megoldott. Munkánk során a vastagbéldaganatok biomarker-vizsgálatát, génexpressziós elemzését és osztályozását végeztük. Munkacsoportunk vizsgálatai alapján megállapítható, hogy a biopsziás minták oligonukleotid microarray-vizsgálati módszere az Affymetrix minőségi kritériumoknak messzemenően megfelelő, standardizált és jól reprodukálható. Megállapítottuk továbbá, hogy a Taqman mikrofolyadék-kártyarendszer alkalmas a chipen mért génexpressziós változások nagy teljesítményű, gyors és költséghatékony valós idejű PCR-es megerősítésére. Kimutattuk azt is, hogy az oszteopontin és az oszteonektin fokozatosan emelkedő mRNS- és fehérjeexpressziója erősen korrelál a vastagbél adenoma-dysplasia-carcinoma szekvencia előrehaladásával. Tíz, a colorectalis adenoma-dysplasia-carcinoma átmenettel párhuzamosan fokozódó mRNS-expressziójú, valós idejű PCR-rel is megerősített szöveti markert azonosítottunk, amelyet még nem írtak le az irodalomban. Vizsgálataink során 27, 13, illetve 10 „top” gént azonosítottunk, amelyek mRNS-expressziós mintázata a vastagbél-adenomával, a colorectalis carcinomával, illetve a gyulladásos bélbetegségekkel asszociálódik.

Restricted access

Abstract  

An accurate knowledge of the ratio Ca/P in bone biopsies is very useful in the diagnosis of osteoporosis. Similarly, measurements on muscle biopsies are important in understanding the disturbance of intracellular fluid and electrolyte (Na, Cl, K and P) balance in patients with metabolic myopathies (muscle diseases) and acid-base disturbances including renal failure. The ratio Ca/P in normal subjects was found to be 2.30. Similarly, the ratio K/P was found to be very nearly constant in normal subjects.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Balázs Győrffy, Ferenc Sipos, Sándor Spisák, Anna Mária Németh, Pál Miheller, Elek Dinya, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopsziák nagy teljesítményű oligonukleotid microarray-vizsgálata segítségünkre lehet a helyi patofiziológiai eltérések megértésében, valamint elősegítheti a colorectalis adenomák, karcinómák és gyulladásos bélbetegségek funkcionális klasszifikációját. Módszerek: 15 vastagbélrákos, 15 adenomás, 14 gyulladásos bélbetegségben szenvedő beteg biopsziás mintájából teljes ribonukleinsav izolálását, amplifikációját és biotinos jelölését végeztük. A teljes genomszintű génexpressziós mintázat meghatározása Human Genome U133 Plus 2.0 microarray-ken történt. Két független normalizációs módszert követően a diagnosztikus génmintázat meghatározására „Prediction Analysis of Microarrays” módszert használtunk. Leave one-out lépésenkénti diszkriminanciaelemzést végeztünk. Az expressziós eredményeket valós idejű polimeráz láncreakcióval igazoltuk. Eredmények: Adenomában a „top” igazolt gének a következők voltak: CD44-antigén, met proto-onkogén, kemokin ligand-12, ADAM-szerű decizin-1 és az ATP-kötő kazetta-A8; vastagbélrákban a kollagén-IVα1, lipokalin-2, kalumenin, akvaporin-8; és gyulladásos bélbetegségben a lipokalin-2, ubikvitin D és az interferon indukálta transzmembrán-fehérje-2. A diszkriminanciaelemzéssel kapott elkülönítő gének expressziója alapján átlagosan 96,2%-os pontossággal csoportosíthatók a minták. A Taqman valós idejű polimeráz láncreakcióval vizsgált, 52 kiválasztott gén 94%-ának expressziós szintje szignifikánsan korrelált az Affymetrix microarray vizsgálatban kapott eredményekkel ( p < 0,05). Következtetések: Biopsziás minták felhasználásával sikeresen végeztünk teljes genomszintű expressziós microarray-vizsgálatot, amely alkalmasnak bizonyult elkülönítő génmintázatok azonosítására. Eredményeink további elemzésekre felhasználható génexpressziós adattárat biztosítanak.

Restricted access
Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica
Authors: G. Klausz, Andrea Tiszai, Zsuzsa Lénárt, Zsófia Gyulai, L. Tiszlavicz, Márta Hőgye, M. Csanády, J. Lonovics and Yvette Mándi

chain reaction for detecting the urease C gene of Helicobacter pylori in gastric biopsy samples and dental plaque. J Med Microbiol 39 , 338 (1993). Evaluation of the polymerase chain reaction for detecting the urease C gene

Restricted access

Abstract  

Short time activation analysis was applied to the analysis of reactor emergency poisoning solutions, to the analysis of doping elements in small organic semiconductor specimens, for the analysis of high temperature superconductors, and the determination of fluorine in various materials including biopsy samples. All the halogens in waste water were analyzed by a single 20s activation followed by two successive counting periods of 20 and 200s.

Restricted access

In six healthy mares and 24 mares showing reproductive disorders swab samples were taken from the fossa clitoridis to isolate Taylorella equigenitalis, and from the uterus to isolate mycoplasmas, ureaplasmas and other aerobic bacteria. Swab samples were also taken from the uterus for Chlamydiaantigen ELISA and ChlamydiaPCR studies. The uterus of 27 mares was examined cytologically, and biopsy samples were taken from the endometrium for histological examinations and for immunohistochemical examinations aimed at the detection of chlamydiae. T. equigenitalis, mycoplasmas, ureaplasmas and chlamydiae could not be detected from any of the mares examined. Aerobic facultative pathogenic bacteria were isolated from mares with endometritis in four cases. In 18 out of 22 mares with endometritis (82%) no infective agents could be demonstrated. Further studies are needed to elucidate the relative importance of non-infectious causes of endometritis and of anaerobic bacteria often detectable in the uterus in the aetiology of the reproductive disorders observed.

Restricted access