Search Results

Streptococcus pneumoniae is an important causative agent for bacteremia. Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a helpful molecular technique for the rapid identification of S. pneumoniae in positive blood cultures. There are many reports concerning the application of an enzymatic treatment with lysozyme in the FISH procedure for partial cell wall digestion of S. pneumoniae. However, this study was aimed to test the FISH procedure without enzymatic treatment for the identification of S. pneumoniae in blood culture specimens. Seventy-seven positive blood culture specimens containing Gram-positive cocci were examined by both the conventional laboratory methods and FISH. Detection of S. pneumoniae was performed by two FISH procedures: one procedure was performed with an enzymatic treatment step and the other one was done without enzymatic treatment. In addition, the specimens were tested by the FISH procedure with enzymatic treatment to detect Streptococcus pyogenes and Enterococcus. The specificity of FISH in comparison with conventional culture methods was 100%. The sensitivity of the FISH procedure with enzymatic treatment for the detection of S. pneumoniae was 90%, whereas, the sensitivity of the FISH procedure without enzymatic treatment was 100%. In fact, by omission of enzymatic treatment, detection of S. pneumoniae was improved in 6 specimens. The results of the FISH and culture methods for the detection of S. pyogenes and Enterococcus were compatible. Altogether, FISH procedure without enzymatic treatment step seems to improve the detection of S. pneumoniae in some cases. Thus, for successful detection of S. pneumoniae, we suggest the application of both FISH procedures (the procedure with enzymatic treatment and the procedure without enzymatic treatment) for each blood culture specimen.

Rapid identification of pathogens in bloodstream infections is of utmost importance to improve survival of septic patients. Fluorescent in situ hybridization (FISH) accelerates the identification of most frequent bacterial and yeast pathogens of sepsis. In this study, 210 positive blood cultures were tested with FISH method and the results were evaluated comparing to the traditional cultivation based results. Overall agreement between FISH and conventional identification was 91.4%, with better results for Gram-negative bacteria than for Gram-positives (100% and 89.5%, respectively). FISH results were obtained within 1 hour. FISH may serve as a useful tool to supplement traditional microbiological methods for rapid, provisional identification of sepsis pathogens.

The present study was focused on the selection of S. cereale cultivars of different geographic origin showing polymorphism detectable by fluorescent in situ hybridization on their 1RS chromosome arms. One perennial and four annual genotypes were tested. FISH was carried out with the DNA probes pSc119.2 and (AAC) ₅ . The pSc119.2 probe gave hybridization signals different from that of the rye ‘Petkus’ on the 1RS arms of all five rye cultivars examined. Differences were manifested mainly in the intensity of the labelling, but the complete lack of FISH signals and double signals were also observed.

Összefoglaló. Bevezetés: Az allogén hematopoetikus őssejt-transzplantáció (allo-HSCT) kiemelkedő szerepet tölt be a hematológiai betegségek gyógyításában. A kimérizmusvizsgálat a donor és a recipiens típusú vérképzés jelenlétét különíti el örökletes genetikai markerek segítségével. Az allo-HSCT kimenetele (pl. az engraftment dinamikája vagy a relapsus előrejelzése) jól követhető kimérizmusvizsgálatokkal, akár a betegségspecifikus markerek hiányában is. Célkitűzés: Munkánk során a kimérizmusvizsgálatok terén arany standardnak számító short tandem repeat (STR) és a fluoreszcens in situ hibridizáció (FISH) módszereket hasonlítottuk össze, valamint vizsgáltuk az allo-HSCT kimenetelét a kimérizmuseredményektől függően. Módszer: Az STR és FISH módszerek összehasonlítását 2018-ban gyűjtött, a két különböző vizsgálatra ugyanazon a napon beküldött 210 mintán végeztük. A kimérizmusvizsgálatok klinikai jelentőségét 2015. január és 2018. február között 378 allogén HSCT-n átesett beteg adatainak elemzésével vizsgáltuk. Eredmények: A két vizsgálati módszerrel kapott eredmények 95,2%-ban megegyeztek. A teljes kimérizmust elért betegek (n = 311) összesített túlélése (OS) kedvezőbb volt, mint azoké, akik nem értek el teljes kimérizmust (n = 44; OS 24 hónapban: 59,4% vs. 23,6%; p < 0,001). Következtetések: Vizsgálatunkban a két kimérizmusvizsgálati módszer (STR és FISH) eredményei jól korreláltak egymással, mindkettő alkalmasnak bizonyult a betegek allo-HSCT utáni követésére. A teljes donorkimérizmus elérése szignifikánsan jobb túléléssel társult. A kevert kimérizmus hatékonyan visszafordítható donor lymphocytainfúzió adásával, mely fokozza a graft alloreaktivitását.

Summary. Introduction: Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT) plays a pivotal role in the cure of hematologic malignancies. Chimerism testing can differentiate recipient and donor hematopoiesis by hereditary genetic markers. The outcome of allo-HSCT (e.g. the dynamics of engraftment and the prediction of relapse) can be monitored by chimerism testing even in the case of lacking disease specific markers. Aims: In the current study we compared the gold standard short tandem repeat (STR) and the fluorescent in situ hybridization (FISH) chimerism testing methods; and we examined the outcome of allo-HSCT depending on chimerism results. Methods: The comparison of STR and FISH methods was performed on 210 samples parallelly tested for chimerism by both methods on the same day in 2018. The clinical significance of chimerism testing was investigated by clinical data analysis of 378 patients treated by allo-HSCT between 1 January 2015 and 28 February 2018. Results: Chimerism results tested by the two methods showed 95.2% concordance. Patients with complete donor chimerism (n = 311) had a more favourable overall survival (OS) than patients without complete donor chimerism (n = 44; OS at 24 month years 59.4% vs. 23.6%, respectively, p < 0.001). Conclusion: In our comparison both chimerism testing methods correlated well, and proved to be suitable for chimerism monitoring after allo-HSCT. Achieving complete donor chimerism was associated with better survival. In case of mixed chimerism, donor lymphocyte infusion can be an effective therapeutic option since it increases graft alloreactivity.

Absztrakt:

A pulmonalis arterialis intimalis sarcoma ritka, magas mortalitású daganat, mely lokalizációja miatt a pulmonalis embolia, valamint a tüdőgyulladás tünettanát utánozhatja. A diagnózis felállítása és a megfelelő kezelés kiválasztása körül számos kérdés merülhet fel. Egy 46 éves, korábban hereseminoma, pulmonalis embolia, asztma, valamint pollenallergia miatt kezelés alatt álló férfi kontroll mellkasi CT-felvételén bal oldalon a mediastinalis pleurát infiltráló, az arteria pulmonalist teljesen elzáró, összességében 7–8 cm-es térfoglaló folyamatot írtak le. A hörgőbiopsziás mintából orsósejtes tumor diagnózisa született, illetve leiomyoma, leiomyomatosus hyperplasia, illetve leiomyosarcoma lehetőségét vetették fel. A fennálló obstrukció miatt a beteg bal oldali tüdőeltávolításon esett át. A szövettani vizsgálat a pulmonalis artériákban terjedő, orsósejtes daganatot kórismézett, immunhisztokémiailag diffúz SMA- és fokális MDM2-pozitivitással, valamint magas proliferációs aktivitással. A h-caldesmon, az S100 protein, az ERG, valamint a pancitokeratin-immunfestések negatívnak bizonyultak. Fluoreszcens in situ hibridizációval a tumorsejtek mintegy 10%-ában polysomiát, illetve MDM2-amplifikációt lehetett igazolni, aminek alapján a „high-grade” pulmonalis arterialis intimalis sarcoma diagnózisa megerősítésre került. Féléves követés alatt a betegség nem újult ki. A pulmonalis arterialis intimalis sarcoma pontos incidenciája nem ismert. Egyes források szerint a krónikus pulmonalis hypertoniás betegek 1–4%-ánál fordul elő. A tünetek közül a fogyás kelti fel a leginkább a daganatos betegség gyanúját. A képalkotó és a kórszövettani vizsgálatoknak kulcsszerepük van a diagnózis felállításában. A daganat rossz kórjóslata miatt a minél korábbi felismerés és a kemoterápiával kombinált sebészi kezelés javíthatja a túlélési lehetőségeket. Orv Hetil. 2020; 161(6): 232–236.

Fluorescent in situ hybridisation (FISH) using a panel of molecular probes for all chromosome pairs obtained by chromosome microdissection of the domestic horse ( Equus caballus ) was used to diagnose karyotype abnormalities in 35 horses (32 mares, 2 stallions and 1 intersex), which were selected for the study due to infertility (23 horses), reduced fertility (10 horses) and developmental anomalies (2 horses). The use of the FISH technique with probes for each horse chromosome pair enabled the diagnosis of many different chromosome aberrations in this population. Among the horses analysed, 21 animals had normal karyotype — 64,XX (19 mares) and 64,XY (2 stallions). Fourteen animals, constituting 40% of the population studied, showed the following chromosome abnormalities: 63,X (1 mare); 63,X/64,XX (6 mares); 63,X/64,XX/65,XXX (3 mares); 63,X/65,XXX (1 mare); 64,XX/65,XX+Xp (1 mare); 63,X/64,XX/65,XX+Xq (1 mare), and 63,X/64,XX/65,XX+delY (1 intersex). When only the mares studied because of complete infertility were taken into consideration, this proportion exceeded 56%. Due to the increased frequency of the above-mentioned aberrations in the mosaic form of two or more lines, it was necessary to analyse a large number (100–300) of metaphase spreads. The use of specific molecular probes obtained by chromosome microdissection made these diagnoses much easier.

The 4H(4D) wheat/barley substitution line was crossed with the ‘Chinese Spring’ ph1b mutant genotype in order to induce wheat-barley homoeologous recombinations. F₃ and F₄ seeds of the 4H(4D) × ‘Chinese Spring’ ph1b mutant cross were analysed using genomic in situ hybridization, and a Robertsonian translocation was detected in monosomic form. Disomic centric fusions were selected among the self-fertilized progenies. The presence of the long arm of 4H was confirmed with SSR markers. The long arm of the 5D wheat chromosome in the Robertsonian translocation was identified using fluorescent in situ hybridization with the help of three DNA probes: pSc119.2, Afa family and pTa71. The wheat/barley centric fusion was identified as a 4HL.5DL translocation. This line exhibited supernumerary spikelet character, but the number of seeds/plant did not increase. The 4HL.5DL centric fusion line is suitable genetic material to study the expression of genes located on 4HL in a wheat genetic background.

Számos monogénesen öröklődő kórképben a betegséget okozó gén teljes vagy részleges deletiója, illetve kópiaszámának megváltozása patogenetikai tényezőként jön számításba. A direkt DNS-szekvenálás nem alkalmas a gén nagy deletiójának, illetve kópiaszám-változásának kimutatására. Az összefoglalóban a szerzők áttekintik a nagy géndeletio vizsgálómódszereit, és két, monogénesen öröklődő betegségben végzett saját vizsgálataik példáján keresztül bemutatják a módszerek gyakorlati alkalmazásának lehetőségeit. Vázolják a géndeletio-vizsgálat hagyományos (kromoszóma-sávtechnika, Southern-blot, fluoreszcens in situ hibridizáció) és polimeráz láncreakcióra alapozott módszereit (denaturáló nagy felbontóképességű folyadékkromatográfia, kvantitatív valós idejű polimeráz láncreakció, mikroszatellitamarker-analízis, multiplex amplifikálhatópróba-hibridizáció, multiplex ligatióspróba-analízis), valamint a technikai és informatikai haladás legújabb vívmányait (komparatív genomhibridizálás, „array” analízis). Saját vizsgálataikban von Hippel–Lindau-szindrómában szenvedő betegekben kvantitatív valós idejű polimeráz láncreakció és multiplex ligatióspróba-amplifikálás alkalmazásával bemutatják a VHL, illetve congenitalis adrenalis hyperplasiás betegekben a CYP21A2 géndeletio-vizsgálat eredményeit és ezek klinikai jelentőségét.

Összefoglaló. A 3p25-deletiós szindróma nagyon ritka genetikai rendellenesség, a nemzetközi szakirodalom jelenleg kevesebb mint 60 esetet ír le. A kórképre általánosan jellemző a növekedési és pszichomotoros visszamaradottság, a microcephalia, a hypotonia, a veleszületett szívfejlődési rendellenesség, a ptosis és micrognathia, de nagyon ritkán előfordul klinikai tünetek nélküli megjelenése is. Általában újonnan kialakult rendellenesség, bár egyes esetekben előfordulhat familiáris formája. A kromoszomális töréspont változó helyen fordul elő. Közleményünkben egy 3p25-deletiós szindrómával született gyermek esetét mutatjuk be: a deletiót kariotipizálással és fluoreszcens in situ hibridizációval igazoltuk, majd microarray-komparatív genomhibridizálással meghatároztuk a pontos töréspontot és a hiányzó géneket. Az érintett régióban 43 OMIM-gént találtunk, melyek szerepet játszanak a megkésett pszichomotoros és növekedési elmaradásban, valamint az intellektuális zavarban. A genetikai háttér pontos karakterizálása hozzásegít a várható tünetek és a prognózis meghatározásához, egyben támpontot biztosíthat a jövőbeli terápia tervezéséhez és a személyre szabott fejlesztés kivitelezéséhez. Orv Hetil. 2022; 163(12): 478–483.

Summary. The 3p25 deletion syndrome is a very rare genetic abnormality, characterized by growth and psychomotor retardation, microcephaly, hypotonia, congenital heart defects, ptosis and micrognathia. Less than 60 cases have been published in the literature so far. However, a few patients with normal or mild phenotype have also been described. The majority of the cases are de novo mutations, with variable chromosomal breakpoints. We present the case of a newborn infant with 3p25 deletion syndrome, whose genetic analysis was done by karyotyping, fluorescent in situ hybridization and array comparative genomic hybridization. The latter method enabled us to define the precise breakpoint and the genes involved in the deletion, thus we could provide information for further clinical management. We identified 43 OMIM genes in the deleted region, which may have a causative effect on the pscychomotor and developmental delay and also on the intellectual disability. Exact cytogenomic characterisation of a rare genetic syndrome may allow to employ personalised treatment. Orv Hetil. 2022; 163(12): 478–483.