Search Results

You are looking at 1 - 4 of 4 items for :

  • "génexpressziós mintázat" x
Clear All
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Balázs Győrffy, Ferenc Sipos, Sándor Spisák, Anna Mária Németh, Pál Miheller, Elek Dinya, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopsziák nagy teljesítményű oligonukleotid microarray-vizsgálata segítségünkre lehet a helyi patofiziológiai eltérések megértésében, valamint elősegítheti a colorectalis adenomák, karcinómák és gyulladásos bélbetegségek funkcionális klasszifikációját. Módszerek: 15 vastagbélrákos, 15 adenomás, 14 gyulladásos bélbetegségben szenvedő beteg biopsziás mintájából teljes ribonukleinsav izolálását, amplifikációját és biotinos jelölését végeztük. A teljes genomszintű génexpressziós mintázat meghatározása Human Genome U133 Plus 2.0 microarray-ken történt. Két független normalizációs módszert követően a diagnosztikus génmintázat meghatározására „Prediction Analysis of Microarrays” módszert használtunk. Leave one-out lépésenkénti diszkriminanciaelemzést végeztünk. Az expressziós eredményeket valós idejű polimeráz láncreakcióval igazoltuk. Eredmények: Adenomában a „top” igazolt gének a következők voltak: CD44-antigén, met proto-onkogén, kemokin ligand-12, ADAM-szerű decizin-1 és az ATP-kötő kazetta-A8; vastagbélrákban a kollagén-IVα1, lipokalin-2, kalumenin, akvaporin-8; és gyulladásos bélbetegségben a lipokalin-2, ubikvitin D és az interferon indukálta transzmembrán-fehérje-2. A diszkriminanciaelemzéssel kapott elkülönítő gének expressziója alapján átlagosan 96,2%-os pontossággal csoportosíthatók a minták. A Taqman valós idejű polimeráz láncreakcióval vizsgált, 52 kiválasztott gén 94%-ának expressziós szintje szignifikánsan korrelált az Affymetrix microarray vizsgálatban kapott eredményekkel ( p < 0,05). Következtetések: Biopsziás minták felhasználásával sikeresen végeztünk teljes genomszintű expressziós microarray-vizsgálatot, amely alkalmasnak bizonyult elkülönítő génmintázatok azonosítására. Eredményeink további elemzésekre felhasználható génexpressziós adattárat biztosítanak.

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Sándor Spisák, Alexandra Kalmár, Orsolya Galamb, Ferenc Sipos, Barnabás Wichmann, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A DNS metilációs mintázatának megváltozása a tumorok kialakulása során bizonyítottan fontos folyamat. Ez azonban a tumorok különböző mikrokörnyezetében különböző módon játszódik le, amelynek teljes genomszinten történő tanulmányozására még nincs hatékony, nagy áteresztőképességű módszerünk. Célkitűzés: Munkánk célja az, hogy azonosítsuk a vastagbéldaganatok kialakulásában és progressziójában szerepet játszó, DNS-metiláció által szabályozott géneket, génexpressziós vizsgálati módszerek felhasználásával. Ennek alapján olyan génexpresszión alapuló módszert mutatunk be, amely lézerrel kimetszett minták és metilációs sejtkultúra modell együttes felhasználásával lehetővé teszi a vastagbéldaganatokban zajló metilációs események genomszintű tanulmányozását. Anyag és módszer: HT-29 colorectalis adenocarcinoma-sejteket kezeltünk 10 μM 5-aza-2’-dezoxicitidin demetilációs ágenssel, majd meghatároztuk a kezelés hatására növekvő aktivitást mutató géneket. Ezzel párhuzamosan lézeres mikrokimetszéssel elkülönített ép, adenoma- és tumorszöveti mintákból 5000 hámsejtet gyűjtöttünk, majd azonosítottuk az adenoma–carcinoma szekvencia előrehaladtával szekvenciálisan csökkenő expressziót mutató géneket. A két géncsoport összehasonlításával meghatároztuk a feltehetően metilációs szabályozás alatt álló transzkriptumokat. Ezt követően független minták bevonásával RT-PCR megerősítést végeztünk. Következtetések: Az azonosított, adenoma–carcinoma szekvencia előrehaladtával csökkenő működésű gének szabályozása metilációs eseményekkel hozható összefüggésbe. Ennek alapján teljes genomszinten kimutathatók azok a géncsoportok – köztük például tumorszuppresszorok –, amelyek a betegség kialakulása és kórjóslata szempontjából kulcsfontosságúak. A módszerrel azonosított, vastagbéldaganatokra jellemző metilációs mintázatot mutató gének a jövőben kezelési célpontok lehetnek.

Open access

Absztrakt:

A molekuláris biológia és a bioinformatika fejlődése által lehetőség nyílt a leggyakrabban előforduló daganatok – köztük az izominvazív húgyhólyagrákok – molekuláris hátterének teljes feltérképezésére. Ennek következtében az elmúlt évek során számos, a tumorok génexpressziós és fehérjemintázata alapján történő alcsoportbeosztás látott napvilágot az urothelialis húgyhólyagrákok molekuláris alapon történő elkülönítésére. A közelmúltban megszületett egy széles körű konszenzuson alapuló klasszifikáció, amely hat molekuláris alcsoportot különít el egymástól, és a jövőben jelentősen befolyásolhatja a terápiás döntéshozatalt is. Ezzel párhuzamosan az izominvazív húgyhólyagrák gyógyszeres terápiája is sokrétűbbé vált, hiszen a továbbra is az első vonalban alkalmazott perioperatív ciszplatinalapú kemoterápián túl a közelmúltban elérhetővé váltak új, checkpointgátló készítmények a kemoterápiára rezisztens, illetve alkalmatlan betegek számára. Továbbá ígéretes kezelési lehetőséget jelentenek az FGFR-támadáspontú szerek is. A terápiás fegyvertár bővülésével a molekuláris alcsoportok elkülönítése lényeges szerepet kaphat a legoptimálisabb kezelés kiválasztásában. Jelen munkánkban összefoglalást nyújtunk az izominvazív húgyhólyagrák molekuláris alcsoportbeosztásáról, valamint annak klinikai jelentőségéről. Orv Hetil. 2019; 160(42): 1647–1654.

Open access

A vastagbéldaganatok korai diagnosztikája, terápiája, követése napjainkban sem teljesen megoldott. Munkánk során a vastagbéldaganatok biomarker-vizsgálatát, génexpressziós elemzését és osztályozását végeztük. Munkacsoportunk vizsgálatai alapján megállapítható, hogy a biopsziás minták oligonukleotid microarray-vizsgálati módszere az Affymetrix minőségi kritériumoknak messzemenően megfelelő, standardizált és jól reprodukálható. Megállapítottuk továbbá, hogy a Taqman mikrofolyadék-kártyarendszer alkalmas a chipen mért génexpressziós változások nagy teljesítményű, gyors és költséghatékony valós idejű PCR-es megerősítésére. Kimutattuk azt is, hogy az oszteopontin és az oszteonektin fokozatosan emelkedő mRNS- és fehérjeexpressziója erősen korrelál a vastagbél adenoma-dysplasia-carcinoma szekvencia előrehaladásával. Tíz, a colorectalis adenoma-dysplasia-carcinoma átmenettel párhuzamosan fokozódó mRNS-expressziójú, valós idejű PCR-rel is megerősített szöveti markert azonosítottunk, amelyet még nem írtak le az irodalomban. Vizsgálataink során 27, 13, illetve 10 „top” gént azonosítottunk, amelyek mRNS-expressziós mintázata a vastagbél-adenomával, a colorectalis carcinomával, illetve a gyulladásos bélbetegségekkel asszociálódik.

Restricted access