Search Results

You are looking at 1 - 10 of 37 items for :

  • "gene expression pattern" x
Clear All
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Balázs Győrffy, Ferenc Sipos, Sándor Spisák, Anna Mária Németh, Pál Miheller, Elek Dinya, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A vastagbél-biopsziák nagy teljesítményű oligonukleotid microarray-vizsgálata segítségünkre lehet a helyi patofiziológiai eltérések megértésében, valamint elősegítheti a colorectalis adenomák, karcinómák és gyulladásos bélbetegségek funkcionális klasszifikációját. Módszerek: 15 vastagbélrákos, 15 adenomás, 14 gyulladásos bélbetegségben szenvedő beteg biopsziás mintájából teljes ribonukleinsav izolálását, amplifikációját és biotinos jelölését végeztük. A teljes genomszintű génexpressziós mintázat meghatározása Human Genome U133 Plus 2.0 microarray-ken történt. Két független normalizációs módszert követően a diagnosztikus génmintázat meghatározására „Prediction Analysis of Microarrays” módszert használtunk. Leave one-out lépésenkénti diszkriminanciaelemzést végeztünk. Az expressziós eredményeket valós idejű polimeráz láncreakcióval igazoltuk. Eredmények: Adenomában a „top” igazolt gének a következők voltak: CD44-antigén, met proto-onkogén, kemokin ligand-12, ADAM-szerű decizin-1 és az ATP-kötő kazetta-A8; vastagbélrákban a kollagén-IVα1, lipokalin-2, kalumenin, akvaporin-8; és gyulladásos bélbetegségben a lipokalin-2, ubikvitin D és az interferon indukálta transzmembrán-fehérje-2. A diszkriminanciaelemzéssel kapott elkülönítő gének expressziója alapján átlagosan 96,2%-os pontossággal csoportosíthatók a minták. A Taqman valós idejű polimeráz láncreakcióval vizsgált, 52 kiválasztott gén 94%-ának expressziós szintje szignifikánsan korrelált az Affymetrix microarray vizsgálatban kapott eredményekkel ( p < 0,05). Következtetések: Biopsziás minták felhasználásával sikeresen végeztünk teljes genomszintű expressziós microarray-vizsgálatot, amely alkalmasnak bizonyult elkülönítő génmintázatok azonosítására. Eredményeink további elemzésekre felhasználható génexpressziós adattárat biztosítanak.

Restricted access

gene expression signature. Dis. Markers, 2008 (nyomtatásban). Galamb, O., Győrffy, B., Sipos, F. és mtsai: Helicobacter pylori and antrum erosion specific gene expression patterns: the discriminative

Restricted access
Orvosi Hetilap
Authors: Sándor Spisák, Alexandra Kalmár, Orsolya Galamb, Ferenc Sipos, Barnabás Wichmann, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

A DNS metilációs mintázatának megváltozása a tumorok kialakulása során bizonyítottan fontos folyamat. Ez azonban a tumorok különböző mikrokörnyezetében különböző módon játszódik le, amelynek teljes genomszinten történő tanulmányozására még nincs hatékony, nagy áteresztőképességű módszerünk. Célkitűzés: Munkánk célja az, hogy azonosítsuk a vastagbéldaganatok kialakulásában és progressziójában szerepet játszó, DNS-metiláció által szabályozott géneket, génexpressziós vizsgálati módszerek felhasználásával. Ennek alapján olyan génexpresszión alapuló módszert mutatunk be, amely lézerrel kimetszett minták és metilációs sejtkultúra modell együttes felhasználásával lehetővé teszi a vastagbéldaganatokban zajló metilációs események genomszintű tanulmányozását. Anyag és módszer: HT-29 colorectalis adenocarcinoma-sejteket kezeltünk 10 μM 5-aza-2’-dezoxicitidin demetilációs ágenssel, majd meghatároztuk a kezelés hatására növekvő aktivitást mutató géneket. Ezzel párhuzamosan lézeres mikrokimetszéssel elkülönített ép, adenoma- és tumorszöveti mintákból 5000 hámsejtet gyűjtöttünk, majd azonosítottuk az adenoma–carcinoma szekvencia előrehaladtával szekvenciálisan csökkenő expressziót mutató géneket. A két géncsoport összehasonlításával meghatároztuk a feltehetően metilációs szabályozás alatt álló transzkriptumokat. Ezt követően független minták bevonásával RT-PCR megerősítést végeztünk. Következtetések: Az azonosított, adenoma–carcinoma szekvencia előrehaladtával csökkenő működésű gének szabályozása metilációs eseményekkel hozható összefüggésbe. Ennek alapján teljes genomszinten kimutathatók azok a géncsoportok – köztük például tumorszuppresszorok –, amelyek a betegség kialakulása és kórjóslata szempontjából kulcsfontosságúak. A módszerrel azonosított, vastagbéldaganatokra jellemző metilációs mintázatot mutató gének a jövőben kezelési célpontok lehetnek.

Open access
Orvosi Hetilap
Authors: Orsolya Galamb, Ferenc Sipos, Elek Dinya, Sándor Spisák, Áron Somorácz, Béla Molnár and Zsolt Tulassay

Chen, X., Leung, S. Y., Yuen, S. T. és mtsai: Variation in gene expression pattern in human gastric cancers. Mol. Biol. Cell, 2003, 14 , 3208–3215. Yuen S. T. Variation in gene

Restricted access

Absztrakt:

A molekuláris biológia és a bioinformatika fejlődése által lehetőség nyílt a leggyakrabban előforduló daganatok – köztük az izominvazív húgyhólyagrákok – molekuláris hátterének teljes feltérképezésére. Ennek következtében az elmúlt évek során számos, a tumorok génexpressziós és fehérjemintázata alapján történő alcsoportbeosztás látott napvilágot az urothelialis húgyhólyagrákok molekuláris alapon történő elkülönítésére. A közelmúltban megszületett egy széles körű konszenzuson alapuló klasszifikáció, amely hat molekuláris alcsoportot különít el egymástól, és a jövőben jelentősen befolyásolhatja a terápiás döntéshozatalt is. Ezzel párhuzamosan az izominvazív húgyhólyagrák gyógyszeres terápiája is sokrétűbbé vált, hiszen a továbbra is az első vonalban alkalmazott perioperatív ciszplatinalapú kemoterápián túl a közelmúltban elérhetővé váltak új, checkpointgátló készítmények a kemoterápiára rezisztens, illetve alkalmatlan betegek számára. Továbbá ígéretes kezelési lehetőséget jelentenek az FGFR-támadáspontú szerek is. A terápiás fegyvertár bővülésével a molekuláris alcsoportok elkülönítése lényeges szerepet kaphat a legoptimálisabb kezelés kiválasztásában. Jelen munkánkban összefoglalást nyújtunk az izominvazív húgyhólyagrák molekuláris alcsoportbeosztásáról, valamint annak klinikai jelentőségéről. Orv Hetil. 2019; 160(42): 1647–1654.

Open access

This study was to determine the gene expression pattern and phenotypic change of Cheongcheong, Nagdong, TN1, and 8 different pedigrees of the CNDH population when WBPH infestation initiated at the reproductive stage of the crop. WBPH infested plants generally showed higher expression level of defense genes compared with the uninfected plants. LOX transcriptional levels in Nagdong and CNDH42-1 did not increase after WBPH feeding at all-time course. Chlorophyll content declined in infested plants compared to their controls, but still CNDH3, CNDH14-2, and CNDH65 were healthier. Heavy and extensive WBPH feeding affected rice yield and grain quality although the infestation started at the reproductive stage.

Restricted access

The objective of the present study was to determine the effects of follistatin addition on myostatin and follistatin gene expression patterns in C2C12 muscle cells. C2C12 cells were administered with 100 ng/ml recombinant human (rh) follistatin in Dulbecco's modified Eagle medium (DMEM) containing 10% fetal bovine serum (FBS), 4 mM glutamine and antibiotics daily for three days. Rh follistatin was not added in the control wells. Follistatin and myostatin gene cDNAs were synthesised by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR).The time course of follistatin gene expression pattern was similar in both the control and the follistatin-treated group. Myostatin mRNA level significantly increased in the follistatin-treated group after 24 h of culture (Fig. 3, P < 0.01). Amounts then sharply decreased (Fig. 3, P < 0.01) at 48 h of culture, whereas there was no significant difference between the control and the follistatin-treated group at 72 h of culture. Our results demonstrated that myostatin and follistatin mRNA were expressed in C2C12 cells and rh follistatin changed the myostatin expression pattern.

Restricted access
Acta Veterinaria Hungarica
Authors: Valentina Nikolić, Gordana Teofilovski-Parapid, Gordana Stanković, Biljana Parapid, S. Malobabić and V. Stojić

The objective of the present study was to determine the effects of follistatin addition on myostatin and follistatin gene expression patterns in C2C12 muscle cells. C2C12 cells were administered with 100 ng/ml recombinant human (rh) follistatin in Dulbecco's modified Eagle medium (DMEM) containing 10% fetal bovine serum (FBS), 4 mM glutamine and antibiotics daily for three days. Rh follistatin was not added in the control wells. Follistatin and myostatin gene cDNAs were synthesised by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR).The time course of follistatin gene expression pattern was similar in both the control and the follistatin-treated group. Myostatin mRNA level significantly increased in the follistatin-treated group after 24 h of culture (Fig. 3, P < 0.01). Amounts then sharply decreased (Fig. 3, P < 0.01) at 48 h of culture, whereas there was no significant difference between the control and the follistatin-treated group at 72 h of culture. Our results demonstrated that myostatin and follistatin mRNA were expressed in C2C12 cells and rh follistatin changed the myostatin expression pattern.

Restricted access

A teljes testre ható polarizáltfény-terápia gyógyító hatásának lehetőségét eddig elsősorban klinikai megfigyelések, majd in vitro modellrendszerekben kapott eredmények valószínűsítették. Célok: A szerzők légúti rekurrens betegségben szenvedő gyermekekben a polarizáltfény-terápia klinikai, illetve a teljes genom szintjén a génexpresszióra kifejtett hatását vizsgálták. Módszerek: Visszatérő légúti fertőzésben szenvedő gyermekek öt héten keresztül tíz alkalommal részesültek teljes testre irányított polarizáltfény-megvilágításban. A klinikai vizsgálatokban a betegek perifériás lymphocytáinak teljesgenom-szintű génexpressziós mintázatát géncsipmódszerrel vizsgálták önkontrollos vizsgálatban. Eredmények: Eredményeik bioinformatikai kiértékelése alapján a polarizáltfény-terápiára klinikailag jól reagáló gyermekek lymphocytáiban olyan génexpressziós változásokat tapasztaltak a teljes test polarizáltfény-megvilágításának hatására, amelyek a gyulladásgátlás irányába hatnak. A változások többek között a legjelentősebb chemokin gének (CXCL1, CXCL2, interleukin-8), illetve a tumornekrózis-faktor-alfa génaktivitásának csökkenését és a leukotrién-B4-et bontó enzim (CYP4F2) szintjének emelkedését mutatták. A polarizáltfény-terápiára klinikailag nem reagáló gyermekek esetében ezeket a változásokat nem tapasztalták a lymphocyták génexpressziós mintázatában. Következtetések: A polarizált fény antiinflammatorikus hatását rekurrens légúti betegségben szenvedő gyerekekben klinikai és genomikai adatok bizonyítják. A teljes genom szintjén nyert génexpressziós adatok és ezek bioinformatikai kiértékelése a polarizált fény antiinflammatorikus epigenetikai hatására utalnak. Orv. Hetil., 2011, 152, 1492–1499.

Open access

The biotrophic Blumeria graminis (Bg) and the necrotrophic Cochliobolus sativus; (Cs) are economically important fungal pathogens of barley globally. To better understand barley mechanisms to resist these pathogens, changes in salicylic acid (SA) and its responsive genes particularly the pathogenesis related PR1, PR2, PR3 and PR5 were evaluated using qRT-PCR across four time points post infection. Data showed that SA contents significantly increased (P = 0.001) in infected plants of both resistant and susceptible genotypes 24 h post inoculation in comparison with non-infected controls. In addition, time-course tests revealed a notable contradiction in the defense-related genes expression patterns between barley and Bg and Cs interactions, showing that expression patterns of the same defense-associated genes were altered in adaptation to different pathogens. PR1 and PR2 genes were highlyactivated inresistant plants infected with the necrotrophic pathogen Cs rather than of the biotrophic one. The uniformity in barley defense response mechanisms could be in convention with the well-accepted notion that these responses are high intense in the resistant genotype. Our work provides useful information on the expected role of SA pathways in barley towards biotrophic and necroptrophic pathogens with different lifestyles.

Restricted access